本发明公开了一种基于水动力防控缓流水体浮游藻类水华的方法，基于不同藻类群落对水流流速的响应，通过水力循环系统和石群布置形成多样性的流场，改变缓流或静止水体的水流速度和流场，促使浮游藻类的水流环境频繁变化，根据浮游藻类的生态习性及对水流流速的相应机制，根据中度干扰理论，调控水体浮游藻类的群落结构，使浮游藻类优势群落无法在适宜的水动力环境下长时期的生长繁殖，从而控制水中浮游藻类的水华潜势，有效地达到无害化控制浮游藻类水华的目的。此发明用于生态环保技术领域。