本发明涉及阻燃剂的设计合成技术领域，为解决传统PLA用阻燃剂存在的阻燃效率低、添加量大、不环保的问题，提供了一种全生物基阻燃剂、阻燃PLA复合材料及其制备方法，所述全生物基阻燃剂，具有以下的结构通式：式中，A+为氨基质子化后的生物质含硫氨基酸，其中n＝1～12。本发明的全生物基阻燃剂所使用的原料为生物来源的植酸和含硫氨基酸，即合成的阻燃剂为全生物基阻燃剂，这种全生物基阻燃剂来源绿色，符合现在可持续发展的主题，不仅可以减缓石油短缺危机，还能保护地球环境。