本文公开了一种综合利用秸秆联产纤维糖、瓦楞纸浆、木质素、沼气及有机肥的方法，其包括如下步骤：(1)将秸秆进行预处理，固液分离，得到纤维和黑液；(2)将黑液分离沉降得到木质素和有机硅肥；(3)将纤维进行磨浆，将磨浆后的物料分级筛分，分别得到长纤维和细小纤维；将长纤维脱水，用作瓦楞纸浆；将细小纤维解糖化制备纤维糖；(4)将上述过程中产生的废水用于制备沼气、有机肥以及回水收集再使用。有益效果：本发明提供了一种经济可行的秸秆类生物质综合利用的新思路，可提高秸秆制糖的营利能力。同时，本发明基于木质素优先分离预处理工艺，降低后续酶解过程中，木质素对纤维素酶的无效吸附，提高酶解效果，降低酶用量。