本发明公开一种井下测量岩石原位渗透率系统及使用该井下测量岩石原位渗透率系统测量岩石原位渗透率的方法，涉及岩石物性测量领域，井下测量岩石原位渗透率系统包括探针组件以及流体分析装置，在具体使用过程中，探针组件将地层流体引入流体分析装置的流体取样腔，流体分析装置通过压力监测装置监测流体取样腔的压力变化，通过计时器监测流体取样腔压力变化的时间，并通过微型计算机控制系统处理上述信息，得出地层流体注入流体取样腔过程中流体取样腔压力与时间的变化关系，之后结合该变化关系通过压降法即可求解岩石原位渗透率。该井下测量岩石原位渗透率系统及方法测量成本低，且可原位测量岩石渗透率，渗透率测量精度高。