本发明公开了一种数据驱动的配电网线变关系诊断方法、装置及系统，方法包括计算出不同时间窗内各配电变压器与其原始所属馈线之间的相关系数；筛选出最大相关系数，作为各配电变压器的中级相关系数；基于虚拟代理思想修正所有中级相关系数，得到各配电变压器的高级相关系数；基于高级相关系数，计算出高级相关系数阈值，筛选出线变关系疑似异常配电变压器；修正线变关系疑似异常配电变压器修正到最有可能所属馈线，若修正后所属的馈线与原始所属的馈线不同，判定该疑似异常配电变压器为线变关系错误的配电变压器。本发明可用于识别任意规模的配电网线变关系错误，计算简单，原理明确，可帮助配网运行人员及时发现线变关系连接错误。