本发明涉及一种用于木糖生产的连续离子交换系统，包括多个阳离子交换树脂柱和多个阴离子交换树脂柱、连接管路、自控阀和自动控制系统，连接管路包括离子排污总管、纯化水总管、再生剂总管、生产总管、精制总管和甜水总管，以及生产料串柱总管、精制料串柱总管、中转串柱管道和串柱管道，多个阳离子交换树脂柱和多个阴离子交换树脂柱分别组成顺序移动、循环运转的顶水组、精制组、生产组、顶糖组、反洗组、再生组和淋洗组，自动控制系统通过自控阀周期性地控制各组离子交换树脂柱间实现生产、精制、糖顶水、水顶糖、反洗、淋洗和再生过程。本发明还公开一种使用该系统的方法。本发明降低了再生剂和纯化水的消耗量，污水排放量少，降低生产成本。