本发明公开了一种水下闸门密封面的自动清理系统，其包括：便携式电源箱；便携式控制箱；手动收放线装置，用于收放电缆；以及水下清理机构，其包括：清理机构本体和框体；所述清理机构本体能够移动的设置在所述框体上，并通过所述电缆与便携式电源箱、便携式控制箱连接；所述清理机构本体包括：刷头组件、高压水泵、刷头旋转驱动组件和刷头进给驱动组件；所述刷头组件与刷头旋转驱动组件、刷头进给驱动组件连接，旋转进给对水下闸门密封面上的水生物进行清理。该自动清理系统的清理效率高，无清理死角，清理效果好，避免了人工清理的安全风险。