本发明公开了一种用于高通量SNP分型的猪毛囊DNA高效提取的方法，此方法基于传统酚‑氯仿法改进形成的新的酚‑氯仿法从猪毛囊中高效提取完整基因组DNA，且获得的DNA纯度和浓度较好，可以用于高通量SNP分型技术。该方法内容为采集猪的毛囊组织，加组织抽提液和蛋白酶K对其进行消化，用Tris饱和酚、饱和酚：氯仿：异戊醇(25:24:1)、氯仿进行DNA的抽提，使用冰乙醇进行DNA沉淀，用70％的乙醇进行洗涤，晾干后得到DNA样品。利用该方法提取的基因组DNA的纯度好，完整性好，完全满足高通量SNP分型对DNA的质量及总量的要求，且经济性好，具有广泛的应用前景。