本发明公开了一种基于GIS平台的三维地质结构模型自动更新方法及系统,包括：将三维地质结构模型的建模区域分成若干个子区域；获取每一个子区域中的多个钻孔数据，确定所述的多个钻孔数据之间的相关度及相关因子；获取更新后的三维地质结构模型参数,重新获取每一个子区域中的多个钻孔数据，确定多个钻孔数据之间的新的相关度及相关因子；将每一个子区域中新的相关度与相关因子分别与更新之前的相关度及相关因子进行比较，确定需要进行参数更新的子区域，实现三维地质结构模型的更新。本发明有益效果：本发明探测部分采用实时采集的方式，对建模数据进行实时快速的分析处理，从而可以实现快速高效的对三维地质结构模型进行自动更新。