本发明公开了一种基于电池能量均衡的MMHC储能系统控制方法，所述MMHC储能系统每相由多个级联的子模块与高压H桥串联组成，所述子模块包括一个电池组和与之并联的一个半桥模块，所述方法包括：1)对每相各电池组分别建立二阶RC数学模型，并辨识出各电池组的内阻；2)对每相各电池组分别进行闭环SOC估计，得到各电池组的SOC；3)采用二级电池能量均衡方法对每相相内电池组SOC和相间电池组SOC进行均衡，再对所述MMHC储能系统进行能量均衡并网控制。本发明方法可实现储能系统中各子模块电池组间的均衡处理，实现相间电池组SOC均衡和每相内电池组SOC均衡。