本发明公开了一种育苗盘消毒装置及其消毒方法，消毒装置包括：机架；消毒箱体，设置在所述机架上，所述消毒箱体具有两端是开口的消毒通道；承载传送道，穿设在所述消毒通道内，并且两端均延伸出所述消毒通道两端的开口；若干第一水枪喷头，设置在所述消毒通道内的上部，并且朝向所述承载传送道的上表面；若干第二水枪喷头，设置在所述消毒通道内的下部，并且朝向所述承载传送道的下表面；其中，随着所述承载传送道带着育苗盘经过所述消毒通道，若干所述第一水枪喷头和所述第二水枪喷头分别将消毒液体喷射在育苗盘的正反两面上，在育苗盘经过消毒通道时可同时对育苗盘的上下两个面进行喷射消毒，不仅消毒更为彻底，而且可以极大的提高消毒效率。