本发明提供了一种高活性有机钙硼液体复合肥料及其制备方法及应用。该复合肥包含以下重量份的各组分：钙肥44～55份、硼肥10～15份、有机质33～42份、植物生长调节剂0.1～1份、表面活性剂0.1～2份、助溶剂0.1～2份、防冻剂0.1～2份。本发明通过高活性有机碳螯合技术，在有机质存在的条件下，反应温度为55℃～65℃的条件下，将钙和硼以特定的比例螯合在一起，配制成高含量的有机钙硼悬浮液体复合肥，可迅速的为作物补充钙硼营养，能够提高养分的利用率，且流动性好，适用于面积较大的自动化施肥作业，可明显提高施肥效率，促进作物增产增收，对于农作物种植领域具有重要的应用价值。