本发明公开了一种拟态表决器的安全运行方法及系统，方法包括：存储异构编译算法，获取用户的安全需求参数；基于参数调用异构编译算法生成特定数量的拟态表决器变体，存储生成的拟态表决器变体；基于参数从存储的拟态表决器变体中随机调用一个拟态表决器变体进行上线服务。本发明能够基于软件多样化和移动目标防御的思想，对拟态表决器软件进行异构化编译，同时根据用户需求对表决器变体进行周期性的随机调度，增加了表决器服务的不确定性，提高了攻击者的攻击难度，保障了拟态表决器的安全性。