本发明提供一种微生物目标片段中多拷贝区域的识别方法，至少包括以下步骤：S100：寻找候选多拷贝区域：对微生物目标片段进行内部比对，寻找相似性满足预设值的待测序列对应的区域作为候选多拷贝区域，所述相似性是指待测序列的覆盖率与匹配率的乘积；S200：验证获得多拷贝区域：获得候选多拷贝区域拷贝数的中值；若候选多拷贝区域拷贝数的中值大于1，则记为多拷贝区域。与文献数据库对比，本发明的微生物目标片段中多拷贝区域的识别方法准确性高，灵敏度高，识别出未发现的多拷贝区域；可在组装不完整的基序中寻找重复序列；与16srRNA相比更加全面，16srRNA不都是多拷贝。