本发明涉及变电站运维技术领域，特别是涉及一种基于多通道协同的智能控制系统及方法，该控制系统包括调度自动化主站系统、变电站系统，两个系统之间进行双向多通道链接；利用该控制系统进行基于多通道协同的运维控制操作。本发明能实现多通道信息自动实时切换、协同防误监控、多安全区信息融合智能一次防误控制，满足极端条件下的事故抢修与供电快速恢复指挥要求；同时考虑主站一次防误与站端一次防误相互结合，并考虑与现有自动化系统的通道及部分功能相互兼容，减少投资、避免对现有系统及功能限制。