本发明公开了一种基于量子密钥云的SM9密钥认证方法、系统及存储介质，所述方法包括：获取加密私钥；根据量子密钥对加密私钥进行解密，获取私钥；根据所述私钥进行身份认证。本发明通过量子密钥对私钥进行解密的应用，通过量子密钥的随机性和分发安全性，提升SM9密钥生成的安全性，并通过一次一密绝对安全的加密方式来扩展国密SM9私钥的安全传输方式。利用量子密钥分发的安全性和对称性，避免了非对称密钥的在线分发，提升了私钥应用的安全性。