一种基于扫描电镜微操控系统的原子力显微镜探针修饰方法，属于原子力显微镜的测量技术领域，包括以下步骤：准备待修饰的纳米颗粒；准备修饰过程中需要的胶水；准备探针；准备扫描电镜工作舱；采用扫描电镜微操控系统进行探针修饰；干燥探针。本发明的修饰过程可视，能选取特定尺寸和分散状态的纳米颗粒对待修饰探针进行修饰，实现修饰纳米颗粒状态可控；其次，可视操作能够明确修饰位置，将纳米颗粒精确修饰至待修饰探针针尖处，避免了“先修饰后观察”的现象，提高了探针的修饰效率。本发明操作简单易行，修饰成功率高，所得探针与颗粒间具有足够的强度用于原子力测试。