本申请公开了一种用于满足交直流独立供电的波浪能发电系统及其运行控制方法，所述系统包括波浪能捕获驱动装置、永磁同步发电机、机侧变流器、直流母线、储能系统、直流负荷、网侧变流器和交流负荷；波浪能捕获驱动装置驱动永磁同步发电机运行发电；机侧变流器的交流侧与永磁同步发电机的定子输出侧连接；机侧变流器与网侧变流器的直流侧通过直流母线互联；储能系统和直流负荷并联接入直流母线；网侧变流器的交流侧为就地的交流负荷提供交流母线。本申请实现了波浪能发电装置与储能系统、光伏系统、交直流用电负荷的一体化、模块化融合，就地为独立用电场景下的交直流多样化负荷提供持续、可靠、清洁的电力供给。