本发明公开了一种水稻连作种植中的秸秆全量还田方法，属于秸秆资源综合利用领域。该秸秆全量还田方法包括：将水稻秸秆收获、粉碎后施入水稻田；对水稻田施用秸秆腐熟剂后深耕翻压；适时插秧后进行水层调控，所述水层调控包括：插秧7‑8天后自然落干3‑5天；按照水层深度为2‑3cm，对水稻田上水浸泡后自然落干3‑5天，并在15‑20天内重复进行；按照水层深度为2‑3cm，对水稻田上水浸泡并进行常规管理。本发明通过秸秆还田后施用腐熟剂，并与水稻田水层调控结合的技术手段，不仅彻底解决了还田秸秆腐解产生的有害气体和物质对水稻造成的伤害，还具有提高水稻产量的效果，实现了水稻田高效、经济的连作种植。