本发明提供了一种基于碳量子点的靶向药物及其制备方法、应用，所述基于碳量子点的靶向药物包括脂质体、碳量子点和抗菌肽，所述抗菌肽包括由疏水性脂肪族侧链形成的核心螺旋结构，和，由阳离子侧链形成外层亲水基团，所述碳量子点嵌入所述脂质体的双分子层中，所述抗菌肽包封于所述脂质体的双分子层形成的腔室内；在红外光照射下，所述碳量子点适于将光能转化为热能以破坏所述脂质体的双分子层，从而释放出所述抗菌肽，且所述碳量子点通过光活化反应形成超氧化物。本发明通过将无毒生物相容性碳量子点、超氧离子和抗菌肽偶联，并利用脂质体作为载药系统，不仅可以无毒副作用地消灭肺炎链球菌，同时具有较高的药物靶向输送能力。