本发明公开了一种甲壳素多层水凝胶材料的制备方法，将琼脂棒先置于戊二醛‑醋酸溶液中浸泡，再放入甲壳素溶液中浸泡；重复浸入甲壳素溶液和戊二醛‑醋酸溶液，得到需要水凝胶的层数。该方法通过戊二醛对甲壳素分子链上氨基的化学交联以及甲壳素分子链间强氢键相互作用，可以备出具有清晰层结构的甲壳素凝胶层。通过间歇式凝固法和调控实验条件，可制得层厚可控的多层甲壳素水凝胶。多层甲壳素水凝胶在医疗和药物控制释放等领域具有应用前景。本发明的方法所制得多层水凝胶具有良好的生物相溶性，并且可以控制层厚，规整的多层结构可降解。本发明的方法工艺过程简单无污染，易于工业化。