本发明公开了一种用于微量样本分型检测多房棘球蚴和细粒棘球蚴的一管法巢式实时定量PCR检测试剂盒，设计内外引物、探针和PCR扩增条件的选择达到巢式PCR一管法完成，操作过程中避免开盖产生气溶胶污染，提高检测结果准确性。检测试剂盒内含有PCR内、外引物对序列、MGB分型检测探针序列、用于内质控的人源内参比基因引物对序列及探针序列。本发明可针对患者血清循环DNA等微量样本分型检测出含有多房棘球蚴和/或细粒棘球蚴的样品，准确度高，可准确地分型检测出多房棘球蚴与细粒棘球蚴源特异DNA序列；可以大批量快速分型鉴定多房棘球蚴与细粒棘球蚴；操作简便，可以对样本中微量虫源DNA进行扩增并达到分型检出的水平。