本发明公开了一种谐波抑制节能与三相不平衡治理节能协调控制方法，包括以下步骤：在每个电能质量治理周期内首先根据配用电系统中的电气参数判断是否出现电压总谐波畸变率较大或存在公用零线电流的情况，然后计算谐波补偿次数和各相电流不平衡度补偿所需的基础值，再以综合节能量最大为目标，综合评估谐波抑制节能功率、三相不平衡治理节能功率和电能回馈功率，求解最优的谐波补偿方法和电流不平衡度补偿值，并生成相应的控制信号，供设备串联和并联的电力电子变换器进行相应的补偿。本发明综合考虑了谐波抑制节能和三相不平衡治理节能两种方式对节能量的影响，可有效降低配用电系统的电能损耗，且利于工程实现。