本发明实施例涉及一种柔性直流输电谐波的抑制方法、系统及计算机设备，包括获取柔性直流输电中换流器输出的三相交流电流以及柔性直流输电中换流器并网点的三相交流电压；对三相的交流电流和交流电压采用谐波电流控制处理，生成三相的谐波调制波；将三相的谐波调制波输入柔性直流输电的换流器阀控系统中，使柔性直流输电中换流器输出三相的附加谐波交流电压；将三相的附加谐波交流电压投入柔性直流输电中，可以时刻抵消柔性直流输电中换流器并网点处的三相谐波交流电压，使柔性直流输电中换流器输出的谐波电流为0，达到抑制柔性直流输电输出电流中的谐波电流，提高柔性直流输电运行的稳定性和安全性。