本发明公开了一种热压印用柔性金属微模具的制造方法，首先对金属箔进行退火处理，消除内应力并降低硬度；然后采用金属箔表面微结构激光连续加工装置对退火后的金属箔进行加工，在金属箔的一面加工得到金属微模具需要的微结构；带有微结构的金属箔再次进行退火处理，去除金属箔内因加工产生的残余应力；最后将热塑性塑料薄膜或热固性塑料薄膜与金属箔无结构侧结合在一起，从而得到热压印用柔性金属微模具。本发明通过激光烧蚀牺牲层产生的热力耦合作用进行金属箔表面的微结构成型，具的绿色、高效的特点。