本发明涉及乳酸盐的分离纯化领域，公开了一种分离乳酸盐的方法和系统，该方法包括：(1)将乳酸盐发酵液与助滤剂混合、固液分离，得到第一料液和滤饼；(2)将所述滤饼进行气顶水洗处理，得到第二料液；(3)将所述第一料液和第二料液进行浓缩处理，得到乳酸盐；其中，所述乳酸盐选自乳酸铵和/或乳酸钠。本发明采用气顶水洗处理，大幅降低乳酸盐发酵液在菌体分离过程中乳酸盐的损失量，提高了乳酸盐的收率。此外，该方法和系统，简单实用，不需要增加设备投资和试剂耗费，同时降低操作难度，降低乳酸生产过程中和单位成本。