本发明涉及一种基于零序阻抗的电抗器匝间短路故障识别方法及系统，包括：分别根据低压侧的三相电流采样值、高压侧的三相电压采样值和高压侧的三相电流采样值确定低压侧零序电流相量值、高压侧零序电压相量值和高压侧零序电流相量值；根据低压侧零序电流相量值和高压侧零序电流相量值确定零序差动电流；根据高压侧零序电压相量值和零序差动电流确定零序阻抗；利用预设的故障识别判据识别所述可控电抗器的匝间短路故障；若零序阻抗小于预设的阻抗定值且低压侧零序电流相量值大于预设的电流定值，则确定可控电抗器发生匝间短路故障，可控电抗器匝间保护动作；本发明的方法原理简单，能够准确识别可控电抗器匝间故障，提高了可控电抗器运行的稳定性。