本发明公开了一种混合多端直流输电系统的充电控制方法，先建立常规直流换流站与第一柔性直流换流站之间的线路连接，再依次控制所述常规直流换流站、第一柔性直流换流站和第二柔性直流换流站内拟投运阀组的交流侧充电，最后建立第一柔性直流换流站与第二柔性直流换流站之间的线路连接。对于双阀组运行结构，需要先控制低端阀组充电，再控制高端阀组充电。本发明还公开了相应的装置和存储介质，采用本发明实施例，对各个换流站之间的连接时序和充电时序，以及同极高、低端阀组的充电时序均进行了规定，以实现对混合多端直流输电系统的安全充电需求，保证混合多端直流输电系统的设备安全，满足直流输电工程的实际应用需求。