本发明公开了一种清洁肠道的肠道准备药物组合物及其制备方法，所述肠道准备药物组合物按重量份数比包括以下组分：65‑99份的L‑阿拉伯糖和1‑15份的木糖醇；所述L‑阿拉伯糖的纯度≥99％；所述木糖醇的纯度≥99％；所述肠道准备药物组合物制成片剂、胶囊剂、口服液、颗粒剂、散剂或糖浆剂；自有筛选的特异性热带假丝酵母，能够选择性将木糖转化为木糖醇，酵母还能利用原料中除了L‑阿拉伯糖之外的杂质，特别是在色谱出峰时间和L‑阿拉伯糖出峰重叠的杂质，以杂质作为营养成分，可以实现与L‑阿拉伯糖高效分离，达到一个物料同时获取木糖醇和L‑阿拉伯糖两大产品的效果，具有生产成本优势。