本发明公开一种一体化短程硝化‑厌氧氨氧化脱氮工艺的启动方法。启动方法如下：步骤1)：在一体化反应器中仅接种厌氧氨氧化菌AAOB菌种，所述步骤1)中，控制反应器进水中的NH4+‑N：NO2‑‑N的摩尔浓度比例为1:0.5～1:1.32；步骤2)：待上述步骤1)的一体化反应器内的厌氧氨氧化菌AAOB菌种达到需要数量时，在一体化反应器接种AOB菌种，所述步骤2)中，使进水中NH4+‑N：NO2‑‑N比例逐步增大，短程硝化与厌氧氨氧化同时在反应器内进行。本发明有利于实现AAOB菌种的倍增和富集，从而迅速启动工程，缩短一体化短程硝化‑厌氧氨氧化反应器的启动过程。