本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种利用高通量测序进行基因分型的方法、试剂盒及应用。本发明构建了一套类似试剂盒的通用barcode片段，使得以更低的成本，更快的速度进行基因型鉴定。本发明将barocde与二代测序相结合开发的新型鉴定基因型技术对于SNP和InDel的鉴定是十分高效且简单的，同时所需成本远远低于市面价格，尤其是对大批量样品的鉴定此优点更加突出。另外这种技术也可以应用于基因定位以及绘制遗传图谱等，因此它的应用范围也十分广泛。