本发明公开了一种原位清除与净化农药污染场地异味的系统及其工法，所述系统包含原位清除模块、尾气净化模块和尾水处理模块；原位清除模块包括原位注入/抽提单元和加热单元；尾气净化模块包括淋洗单元、催化氧化单元、吸附单元；尾水处理模块包括初级处理单元、氧化单元、过滤净化单元。本发明通过化学处理-热处理-抽提协同清除技术实现异味物质原位的高效分解/降解，同时耦合安全节能的淋洗+氧化+吸附尾气净化工艺和隔油-絮凝-沉淀+中和+氧化+净化的尾水处理工艺，通过模块、单元、技术之间的协同耦合，实现农药场地异味物质的原位清除与净化；可显著提升农药场地异味治理修复的技术水平，具有良好的市场效益和社会效益。