本发明公开了一种气凝胶复合材料及其制备方法和应用，气凝胶复合材料包括氮化碳、还原氧化石墨烯气凝胶和磁性材料，制备方法包括以下步骤：(1)将氮化碳和磁性材料分散于溶剂中，混合均匀得到悬浮液，去除溶剂后得到混合粉末；(2)将混合粉末和氧化石墨烯分散在溶剂中，反应8～16h后再真空环境下进行冷冻干燥，即得到气凝胶复合材料。该气凝胶复合材料能够作为光催化剂应用于微囊藻毒素的降解，理化性质优异，具有对可见光的吸收范围宽、对微囊藻毒素的降解效果好、可同时进行磁性分离和光催化降解的优点。