本发明公开了一株铜绿假单胞菌JT86及其在防治菌核病中的应用。本发明从土壤中筛选得到了一株铜绿假单胞菌JT86，该菌株已于2019年9月30日保藏于广东省微生物菌种保藏中心，保藏号为GDMCC NO：60799。该菌株及其挥发物能够完全抑制水稻纹枯病菌、花生白绢病菌和油菜菌核病菌的菌核萌发，抑制其菌核的菌丝的生长，使得菌核的菌丝出现片状、皱缩，且该菌株对水稻纹枯病菌、花生白绢病菌、油菜菌核病菌、稻瘟病菌、香蕉枯萎病菌、菜心炭疽病菌、茶炭疽病菌、辣椒炭疽病菌也具有很好的抑制效果；因此，该菌株能够针对性处理土壤中顽拗的土传病原菌，有效抑制菌核病的发生，在制备防治土传真菌病害的土壤处理剂中具有良好的应用前景。