本发明提出一种强化微生物治理黑臭水体的生态护岸，属于生态护岸技术领域。该生态护岸，包括枯水位区护岸单元、常水位区护岸单元、洪水位区护岸单元，所述枯水位区护岸单元包括抛石护脚、微生物柔性生态袋、松木桩支护，所述抛石护脚位于临水侧，所述松木桩支护密排设置且位于抛石护脚的内侧，所述微生物柔性生态袋沿原河岸带层叠设置且位于松木桩支护和抛石护脚的临土侧。本发明所提出的生态护岸主要用于生态治理领域。其可实现河道底泥的废物再利用，同时，可对黑臭水体进行高效治理，省去了河道底泥的处理工程，具有一定的环保价值，且具有成本低廉，微生物柔性生态袋便于更换，施工方便等特点。