本发明公开了一种外进内出型鼓网底部在线清淤系统及其清淤方法，该在线清淤系统包括鼓网网室，所述鼓网网室内设置有鼓形滤网，所述鼓网网室的一侧沿横向设置多个间隔布置的清淤通道，所述清淤通道竖向布置，所述清淤通道的开口与地面平齐，所述鼓网网室底部的背水侧流道沿横向设置有多个间隔布置的淤积坑，所述多个淤积坑分别与多个清淤通道的底部相连通，所述多个清淤通道的上方吊装有可横向移动的清淤装置，通过所述清淤装置经清淤通道下放至淤积坑中，对淤积物进行抽吸清理。本发明可实现在鼓形滤网不停机的正常运行状态下进行底部淤积垃圾的清理，大大减少了以往清淤作业的人力物力成本，提升了清淤作业的安全性。