本发明公开了一种基于无人水面艇的多海湾区域路径遍历方法及系统。在该方法中，无人水面艇沿锯齿形路径行进，在行进过程中，采用雷达实时扫描无人水面艇周围是否存在海湾，当探测到海湾后，判断该海湾是否位于无人水面艇的行进侧，当海湾位于无人水面艇的行进侧时，则将该海湾确定为重复海湾，否则为将该海湾确定为遗漏海湾，并选取与该海湾相交的、距离无人水面艇最近的栅格，将该栅格与该海湾的交点确定为遗漏海湾的进入点或重复海湾的退出点。在检测到遗漏海湾后，可以从遗漏海湾的进入点进入遗漏海湾对其进行遍历。当遍历完重复海湾后，直接从重复海湾的退出点退出。本发明既避免了海湾的重复遍历，也避免了海湾的遗漏。