本发明提供了一种港口联动视效调运系统及其调运方法，该系统包括：调运设备，安装于港口，港口放置有待转运物；监控模块，安装于港口；用于生成转运指令的指令输入模块，转运指令包括待转运物的第一三维坐标及目的地的第二三维坐标；控制模块，包括建模单元、计算单元、设备控制单元、合成单元、以及比对单元，指令输入模块和建模单元分别连接于计算单元，监控模块、建模单元、计算单元分别连接于合成单元，合成单元连接于比对单元，设备控制单元连接于计算单元和比对单元，调运设备连接于设备控制单元；以及显示模块，连接于合成单元。本发明解决了港口的货物采用传统的吊装设备吊装施工存在效率低且操控精准性差的问题。