本发明提供了一种基于混合密码的遥控遥测信息防篡改加解密方法和系统，应用于卫星通信系统，包括：利用目标序列密码算法对目标数据进行加密操作，得到初始密文；目标数据为待加密卫星遥控遥测数据；基于初始密文的属性信息，利用目标杂凑密码算法生成目标消息认证码；属性信息包括以下至少之一：数据流向、发送者身份ID、密文序列、时间戳；将初始密文和目标消息认证码进行拼接操作，得到目标加密序列。本发明缓解了现有技术中存在的因算法复杂度高导致加解密速度非常慢的技术问题。