本发明公开了一种负压集装箱隔离医疗单元，包括集装箱本体，所述集装箱本体内包括设备间和负压区；负压区的压力分别不同，多个负压区的压力大小按连通顺序依次减小；设备间内设有负压新风系统设备、排风系统和电力系统；设备间的负压新风系统设备与负压区的进风口连通，负压区的排风口与设备间的排风系统连通。本发明在外形上具备集装箱灵活运输的特点，可以满足联运要求，随到随用。集装箱本体内可分为多个负压区域，区域的压力依次递减，根据不同压力划分为不同功能区域。保证室内空气始终向一个方向流动，最终气体经高效过滤后排放，防止室内空气污染室外空气。