本发明涉及隔离帐篷技术领域，具体公开了应急救援移动医院的隔离系统，包括负压帐篷，负压帐篷内分隔为若干隔间；还包括负压模块和控制模块；负压模块包括过滤单元和若干抽气单元；抽气单元设置于每一隔间内，抽气单元用于抽取隔间内的空气，过滤单元用于对抽取的空气进行过滤，并将过滤后的空气排放；控制模块用于独立控制每一隔间对应抽气单元的启闭，控制模块还用于当相邻两个隔间的抽气单元均启动时，控制抽气单元的抽气功率，使相邻两个隔间的气压保持一致。采用本发明的技术方案能够降低传染病多重感染的风险。