本发明公开了一种中深层地热能无干扰清洁供热系统，包括地热源供给侧组件、中间转换组件和用户侧组件；所述地热源供给侧组件包括换热器和驱动地热源供给侧介质循环流动的地热泵，所述中间转换组件包括依次连通的蒸发器、压缩机、冷凝器和流量阀，所述用户侧组件包括散热器和用于驱动用户侧介质循环流动的驱动泵；所述地热源供给侧介质通过蒸发器对中间转换组件供热，中间转换组件通过冷凝器对用户侧供热，所述地热源供给侧组件、中间转换组件和/或用户侧组件中的连通管上均设置有介质液过滤组件；能够有效提高系统的换热效率，实现系统供热效率更高，运行更为稳定，保证对用户长期、稳定且高效地供热。