本发明提出了一种基于码相位计数法提升智能变电站计量时钟同步的方法，通过测量模块提取出卫星时钟脉冲数据，由计时码字相位比较计算出相位控制字，微处理器对输入脉冲与晶振分频脉冲间的时延值进行了调整，提升计量时钟的准确性。晶振时钟的频率偏移采用直接频率测量和频率合成技术，将频率信号按照某一频点基准划分出不同频率成分的震荡，将高频率噪声成分识别出，依据采集输出频率与计数器数值计算频率控制字，由频率控制字实现多路分频，将频率误差识别出并滤除，达到校准时钟频率的效果，解决晶振时钟的频偏问题。利用FPGA方法实现相位与频率的校正功能，测量控制精准，易于实现，时钟同步信号提升到1.25ns，符合现场应用与产品开发需求。