本发明公开了一种薄膜式核酸扩增微流控芯片及其制备和应用方法，涉及生物分子检测技术领域，包括多个通过通道连接的反应腔；反应腔包括由裂解腔、纯化腔、预扩增腔以及扩增腔；所述裂解腔上设有进样口，并与所述纯化腔上连通；所述纯化腔分别连通有预装核酸纯化液的第一储液腔和预装核酸洗脱液的第二储液腔；所述纯化腔内预封装有二氧化硅包被的磁珠并与所述预扩增腔连通；所述预扩增腔连通有预装核酸扩增稀释液的第三储液腔，并与所述扩增腔连通；解决了现有技术中的无法将裂解、纯化和扩增过程完整集成在同一芯片上，操作繁琐且在操作过程中容易被污染的问题。