本发明公开了一种运维操作指令安全分析方法、系统及存储介质，方法包括以下步骤：一)读取历史操作指令数据，对历史操作指令数据的字符集进行字符向量化处理；二)将向量化后的操作指令数据作为输入，建立神经网络模型，形成操作指令数据的网状关系图；三)对网状关系图中的操作指令字符数据进行数据降维处理；四)数据降维处理完毕后进行数据聚类处理；五)根据实际的业务场景对步骤四聚类后的运维指令数据集进行黑白灰名单的定义和整理，形成输出数据，将所有黑白灰名单输出数据写入指定数据库中。本发明解决了运维操作指令安全分析过程中难以人工标注类别且标注过于繁琐等问题，提高了运维操作指令安全分析自动化程度。