本发明提供了一种综合能源系统装机容量的确定方法及系统，包括：基于预先构建的投入产出关系和综合能源系统的建设需求，确定所述投入产出关系中的两类参数，得到剩余一类参数与系统投入产出比的关系；基于所述剩余一类参数与系统投入产出比的关系，确定综合能源系统中各能源设备的装机容量；其中所述投入产出关系由综合能源系统内各能量产品的需求与投入的多种能源转换设备之间的相互转换效率构建，且所述投入产出关系包括三类参数，分别为能源价格、设备能效和系统配置，可根据所要分析的重点对象，确定一部分参数，分析另一部分参数与系统投入产出比的关系，用于设计综合能源系统的装机容量。