本发明提出了基于稀疏自编码的暂态录波故障数据清洗方法和系统，首先把数据库中的故障数据分批导入稀疏自编码故障数据清洗模型，计算出故障的皮尔逊相关性的相似度，后进行重复数据清洗；清洗后模型进行稀疏自编码故障数据特征量提取，提取后的二维特征量数据进行第三模块的密度峰值快速搜寻聚类完成故障数据类簇分析，识别错误类簇后进行错误数据隔离，从而完成基于稀疏自编码的暂态录波故障数据清洗训练。本发明还提出了数据清洗系统，本发明基于训练好的故障数据清洗模型导入主站进行数据分析，进行实测故障数据清洗测试，完成对实测数据中的重复数据、扰动数据、抖动数据的剔除。建立清洁、高效的暂态录波故障数据库。