本发明提供了一种生物处理酸性矿山废水同时回收铁离子的方法及系统。该方法包含：(1)将酸性矿山废水经嗜酸性铁氧化菌进行生物矿化，然后经嗜酸性铁还原菌进行循环生物还原处理后进入碱调节池循环调节pH后出水循环至生物矿化处理单元进行循环处理；(2)一段时间反应后，将废水从集水池末端引出，后续可连接石灰中和处理系统，在生物矿化单元可回收黄钾铁矾矿物或施氏矿物。本发明筛选得到的菌为实际矿山环境存在的土著菌株，能完全适用于矿山废水的处理。本发明采用循环处理提高酸性废水废水中铁的沉淀量，后续连接石灰中和处理，能实现矿山废水的完全达标。