本发明公开了一种兼顾事故保安和黑启动的柴油发电机系统及启动方法，该系统包括第一柴油发电机单元、第二柴油发电机单元、黑启动柴油发电机、黑启动柴油发电机出口断路器、黑启动380V母线供电单元一、黑启动380V母线供电单元二、黑启动380V母线、黑启动电源送出断路器和黑启动变压器。三台柴油发电机并联为黑启动燃机提供黑启动应急电源，第一柴油发电机和第二柴油发电机兼顾机组的事故保安电源。柴油发电机作为黑启动应急电源启动和事故保安电源启动采用不同的启动方法。本系统和方法可以实现黑启动应急柴油发电机的小型化，提高柴油发电机的使用效率，节省成本、节约空间，安全性好，可以广泛的应用在大型燃机事故保安电源和黑启动电源的设计中来。