本发明涉及一种基于水电站净水足迹的水资源损耗补偿方法。本发明建立基于水足迹的水域水电站水量损耗的生态补偿模型，即通过水电站净水足迹WF推导出单位电能所消耗水资源服务价值WE的计算式，根据发电所消耗水资源的经济价值与发电收益推导出生态补偿系数R的计算式，根据生态补偿系数R和单位电能所耗水的水资源服务价值WE推导出水电站水量消耗生态补偿指数WECe的计算式；收集水电站数据计算出水电站净水足迹，根据基于水足迹的水域水电站水量损耗的生态补偿模型，依次计算出单位电能所消耗水资源服务价值、生态补偿系数和水电站水量消耗生态补偿指数即单位电能的生态补偿量。本发明可为评估某水电站的水电开发，征收生态补偿款提供依据。